商务部和省级商务主管部门按照企业境外投资的不同情形，分别实行备案和核准管理。企业境外投资涉及敏感国家和地区、敏感行业的，实行核准管理。企业其他情形的境外投资，实行备案管理。对属于备案情形的境外投资，中央企业报商务部备案；地方企业报所在地省级商务主管部门备案。
从2016年11月份至今，境外投资项目的审核就越来越严苛，必须经过相关部门层层审核核实。如果对政策、流程不是很熟悉的话，可能必须经历逐步完善资料，多次申请，多次审核的情况，在一定的程度上可能会影响备案进展，甚至存有无法通过审核的概率。
外国投资备案申请办理必须向商务职能部门开始报备，待商务职能部门核准或备案后，会下发文件《企业的外国投资证件》，国内出资方或企业的须在接收证件的那起2年内在境外进行项目投资。
申请人权利和义务
(一)依据《境外投资管理办法》，申请人依法享有以下权利：
1.依法提供申请材料的权利。
2.对行政部门进行监督的权利。
(二)依据《境外投资管理办法》，申请人依法履行以下义务：
1.提供真实申请材料。
2.遵守境内外法律法规和政策规定。
3.要求境外企业中方负责人向驻外使(领)馆(经商处室)报到登记。
4.向原备案或核准的商务部、或省级商务主管部门报告境外投资业务情况、统计资料，以及与境外投资相关的困难、问题，并确保报送情况和数据真实准确。