高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。

申报明细表与年度财务报表相关联，是指企业近三个会计年度研究开发费用结构明细表和近一年高新技术产品(服务)收入明细表的相关数据包含在已审计的年度财务报表中，两者适用的会计准则或会计制度是一致的，在相关会计政策、会计估计方面不存在差异。

申报明细表又区别于年度财务报表。企业近三个会计年度研究开发费用结构明细表和近一年高新技术产品(服务)收入明细表是按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》编制的，其列报的数据可以直接反映出企业是否满足认定条件。

高新审计依据高新技术企业认定办法相关规定，企业申请高新认定，需要对近三年的财务状况、研发费用支出情况及高新技术产品(服务)收入情况进行审计，出具审计专项报告和年度审计报告。

会计师会结合企业情况，给出一份准备材料的清单。主要是企业的资产负债表、损益表、总账、明细账、科目余额表(到末级科目)、财务凭证、公司的执照、章程等等。