林下种植草珊瑚，林地的上生物种类多，环境复杂，时有病虫害发生，较常见的是草珊瑚炭疽病，部分地块发现有蚜虫和红蜘蛛为害，但为害程度较轻。
(1)草珊瑚炭疽病草珊瑚炭疽病病原菌是黑线炭疽菌(Colletotrichum dematium)。发病初期在叶片上呈现圆形、椭圆形红褐色小斑点，后期扩展成深褐色圆形病斑，中央则由灰褐色转为灰白色，病斑边缘有黄色晕圈，后病斑转为黑褐色，并产生轮纹状排列的小黑点。严重时一个叶片上有十多个至数十个病斑，后期病斑穿孔，病斑多时融合成片导致叶片干枯。病原菌也可侵染叶柄、茎部，通常会出现圆形或近圆形的病斑，呈淡褐色，其上生有轮纹状排列的黑色小点，后期病斑部缢缩，叶柄或茎折断。茎部染病，可产生与叶片上相似的症状，但多从叶腋处先发生，并向新生枝及主茎扩展，造成病部变褐，凹陷，病斑多为圆筒形或长椭圆形。严重时，病斑可以布满茎表，并可串连成片，使茎的表皮呈黑褐色，严重影响养分的运输，造成植株生长衰弱，部分病株枯死。
为减少炭疽病的发生及危害，应调节好种植地的荫蔽度和通风条件，发现病株及时清除。发病时使用80％戊唑醇可湿性粉剂4000倍、25％咪鲜胺乳油3000倍、20％苯醚甲环唑乳油2000 倍等药剂轮换防治，隔7天～10天喷施一次，连续3次。
（2）红蜘蛛（Teftranychus nrticae Koch.）以幼虫、成虫先后在叶片及绿色嫩枝上为害，吸食汁液，受害后叶片、嫩梢呈现黄褐色的斑点，使顶芽和叶片枯萎死亡。防治办法：剪除病虫枝和枯枝，铲除落叶枯枝并焚毁；选用20%乳油1000倍液或73%克螨特乳油1000倍液或用30%螨窝端乳油1000倍液、5%克大螨乳油2000倍液喷雾防治。
（3）蚜虫（Macrosiphoniella sanhorni Gillette）以成蚜在地块周围灌木或遮荫乔木的叶片上越冬，翌年春夏季多雨季节时卵孵化后为害植株，以成虫和幼虫为害新芽、新叶，造成皱缩、花叶、变黄、脱落，植株明显发育不良，矮小，顶芽萎蔫。高温多雨季节，温度高于25℃，相对湿度60%~80%时发生严重。防治方法：？挂放黄色粘虫板（50厘米×40厘米／板），平均每667m2挂放6块，其悬挂高度为高于植株顶梢20～30厘米；在若蚜发生高峰期，交替使用各种无公害农药防治，可选用0.36％苦参碱水剂1000倍液、１％印楝素乳油1000倍液和１％苦皮藤素乳油2000倍液等植物源杀虫剂喷雾防治。用10％吡虫啉可湿性粉剂1500-2000倍液或3%啶虫脒可湿性粉剂2000倍液或50%抗蚜威3000倍液喷雾防治，每隔7-10天喷雾一次，连喷2-3次。
传统的采收方法以采收全株为主，药典所载也是以全株药用，草珊瑚野生分布地多为肥沃疏松的土壤，且根系浅，易于连根拔起，这种采集方法对草珊瑚药材资源是毁灭性的，是不可持续的。在人工栽培条件下，如采用采收全株的方法，也会大大增加种植年限和种植成本，而获得的产量并无明显增加。一般草珊瑚药材根部重量约占全株重量的10%左右，如果采收植株地上部分，虽然产量稍低，但每年都有收成，又能降低生产成本，达到可持续生产的目的。
在人工栽培条件下，应在种植3年后采收药材为好，草珊瑚药材有效成分异嗪皮啶含量在9月和10月较高，因此草珊瑚药材采收时间在每年的9月～11月份较适宜。在广西的自然条件下，9月～11月气候相对比较干燥，降雨少，植株的水分含量相对较低，此时开展药材采收工作，也有利于药材的干燥保存，方便运输。草珊瑚药材采收后在干净的晒场上晒干，有条件的也可进行烘干，即可作为原料药材出售。
经初加工的草珊瑚药材应用清洁、透气的包装袋包装。包装上应有清晰、牢固的标识，标识的内容含生产单位、产地、品种名称、采收日期、包装日期、联系方式等。药材经包装后应放置在干燥、阴凉、通风处贮藏。运输药材的工具必须清洁、干燥、无异味、无污染，运输过程中应注意防雨、防潮，同时不得与其它有毒、有害、有污染、易串味的物质混装。
草珊瑚刚从野生转为家种，抗病虫能力较强，目前尚未发现为害较重的病虫害，无需防治。但如果田间遮荫条件差、在阳光强烈的夏季，会出现叶片灼伤现象，叶尖或叶绿出现斑枯，严重的全叶枯焦。可采用灌水降温、改善遮荫条件等措施，以减轻为害。