履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
约束的目的不同。履约保证金的目的是担保承包人完全履行合同，主要保证工期和质量符合合同的约定。履约保证金的功能，在于承包人违约时，赔偿发包人的损失，也即如果承包人违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。质量保证金则更多的是一种约束工程质量的手段。
没有按照招标文件提交投标保证金或所提供的投标保证金有瑕疵的，按废标处理;提交投标保证金但违反下述方投标保证金的两种情况之一，没收投标保证金;没有按招标文件要求提交履约保证金的，将失去订立合同的资格，并没收投标保证金。
商业保函与银行保函的因素
签发者: 商业保函是由商业公司或保险公司签发的，银行保函则是由银行签发的。
保证内容: 商业保函主要是对货物交付的保证，而银行保函主要是对债务偿还的保证。
保证范围: 商业保函的保证范围比较灵活，可以针对特定交易、地域或商业关系；银行保函通常是对整体债务的保证。
保证效力: 商业保函的效力可以通过保险公司的信用评级来评估，银行保函则受银行的信用评级影响。
权利义务: 商业保函一般不涉及银行的财务责任，银行保函则是银行承担的保证责任。
这些因素需要根据具体交易情况进行考虑，并结合客户的需求来选择适合的保函类型。