约束的目的不同。履约保证金的目的是担保承包人完全履行合同，主要保证工期和质量符合合同的约定。履约保证金的功能，在于承包人违约时，赔偿发包人的损失，也即如果承包人违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。质量保证金则更多的是一种约束工程质量的手段。
提交主体：投标保证金由所有投标人提交;履约保证金仅由中标人提交。
保证金的期限：投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交;履约保证金应在签定正式施工合同前提交;投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天;履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
预付款保函（advance payment guarantee）承包人要求银行向业主(发包人) 出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。投标人在中标后签订的合同中规定，承包人委托银行向业主出具的由业主按合同规定向承包人支付一笔工程预付款，及时用于实施项目的保证函件（即A委托B向C作出担保，担保内容是C按合同约定向A支付的预付款确实在用于项目的实施）。担保银行应为业主所接受。如承包人不履约，业主可凭保函向担保银行索赔。
在进出口贸易中，进口商为了确保货物品质符合要求，往往要求出口方提交质量保函，即保证按照合同规定的质量标准交货，若发现货物质量不符合规定，由出口方负责退换或补偿损失；否则，由保证人进行赔付。质量保函的担保金额一般为合同金额的5%--10%，有效期由双方根据交易需要协商确定。