水利模型可按其空间维数、时间相关性、数学方程的特征以及所描述的对象、现象进行分类和命名。
从空间维数上可分为零维、一维、二维和三维模型；从是否含有时间变量可分为动态和稳态模型；
从模型的数学特征可分为随机性、确定性模型和线性、非线性模型；
从描述的水体、对象、现象、物质迁移和反应动力学性质可分为河流、湖泊、河口、海湾、地下水模型；溶解氧、温度、重金属、有毒有机物、放射性模型；对流、扩散模型以及迁移、反应、生态学模型等。
水利模型至今已有70多年的历史。早的水利模型是于1925年在美国俄亥俄河上开发的斯特里特－菲尔普斯模型。它是一个DO－BOD模型。之后，经诸多学者改进，逐步完善。1977年美国环境保护局发表的QUALll型，是这类模型的代表。它的版本 QUAL2E（1982）能模拟任意组合的15种水质参数。80年代之后，随着水利模型研究的深入，另一类描述水中有毒物的模型应运而生。由于考虑了泥沙的作用，使这类模型变成了一个描述水流、泥沙和其他水质组分相互作用的气、液、固三相共存的复杂体系。它的代表作是美国环境保护局推出的WASP5模型（1994）。它能模拟有毒物质在水中发生的酸碱平衡、挥发、沉淀、溶解、水解、生物降解、吸附和解析、氧化还原、生物聚集、光解等过程以及大气的干、湿沉降物。与此同时，以食物链和能量传递为主线的生态学模型也有了长足的发展。现代水利模型因其复杂性一般要采用各种数值解法，应用计算机来完成。
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软件模型是在军事概念模型和数学模型的基础上，按照计算机软件设计的要求而构建的计算机程序及其规范化描述。军事模型还可按目的、使用范围、描述层次等标准进行分类。构造军事模型的方法和步骤随模型的性质而异，一般步骤有：提出问题；设计军事想定；收集数据资料；构造模型；编制计算机程序；试算模型，并进行计算结果分析；建立必要的动态控制系统和人工干预机制，以便及时对模型进行反馈分析和修正。