北京儿童医院儿童保健中心设有新生儿行为测查、婴幼儿抚触、小儿生长发育及精神发育测评、儿童营养评价，听力筛查、视力筛查、超声骨密度检查、超声骨龄检查、智力筛查、智力测评、0-1岁52项神经运动检查、气质测评、铅损伤筛查、血铅测查、微量元素测评、血常规测查、25羟维生素D检测、注意力测评与训练、孤独症测评、人体成分测查、早期发育训练、语言测评、语言障碍训练、保健咨询以及健康教育，儿童免疫规划等多项与保健相关的服务，同时也可接纳幼儿园、中小学生集体儿童的健康体检工作。其中，小儿生长发育与营养、精神发育测评与早期干预是中心的工作重点及亮点。
北京儿童医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授116人，承担着本科及博士、硕士研究生、七年制儿科专业，护理大专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
北京儿童医院积极发挥学科龙 头作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前理事单位成员已达57家。医院与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡等国家的儿童医疗机构和科研院所建立了良好的关系和广泛的合作，是科技部认定的儿童重大疾病国际科技合作基地。
多年来，为方便患者就医，北京儿童医院始终坚持24小时接诊。医院积极践行公立医院改革，推进预约挂号工作，优化服务流程，改善患者就医体验，受到国家卫生健康委的肯定和广大群众的认可。医院还承担了上级部门委派的重大儿童传染病防治、抗震救灾支援、突发公共卫生事件救治等医疗任务。