胃肠肿瘤中心一病区是北京肿瘤医院以胃癌、结肠癌和直肠癌诊治为主的外科临床科室。1976年建所初期成立的肿瘤外科腹部外科专业组即为现在胃肠肿瘤中心一病区的前身，是肿瘤研究所成立初期几个主要病种防治研究专业之一。
胃肠肿瘤中心一病区现有病床33张，医护人员37名，其中主任医师4人，副主任医师2人，主治医师5人，住院医师8人，护士18 人。学科带头人季加孚教授，科室副主任李子禹教授，任晖任护士长。
医疗特长及优势：以患者的个体化为宗旨，积极推广胃肠肿瘤的规范化手术，重视综合，提倡人性化服务。胃癌的标准D2根治手术、围手术期综合、胃肠道肿瘤微创手术、胃肠道肿瘤的腹腔镜探查术、胃癌手术中的纳米碳淋巴结示踪技术、早期胃癌的EMR/ESD内镜下、腹腔热灌注化疗及直肠癌的术前放疗等已成为科室特色的常规手段。
现科室年门诊量近13000人，病房年收治患者近1300人，手术量近800台。其中胃癌患者约占2/3，结直肠癌患者约占1/3。规范细致的手术操作、合理的综合、丰富的病例管理经验和人性化的护理是患者疗效为可靠的保障。
乳腺癌预防中心提供乳腺肿瘤诊断及方面的医疗服务。本中心于1998年在北京市重点学科专项资助下组建。2004年结构调整，成为具备乳腺肿瘤诊治功能的一级临床科室，功能涵盖乳腺癌筛查，乳腺病变的诊断，原发性乳腺癌、随访及康复指导，复发性乳腺癌，同时开展相关临床与基础研究。
2021年科室医生总人数30人，正高职称人数6人，副高职称人数8人，中级职称人数13人，初级师人数3人。按学历划分：博士21人，硕士4人，本科4人，专科1人。科室主任：欧阳涛，副主任：范照青、何英剑。护士长：于新颖、徐京燕、孙红娟。
本中心由门诊诊室4间、住院床位64张、门诊穿刺室、超声影像诊断室等部分组成。
“依据循证医学原则，结合研究成果，提供规范的、专业化的医疗服务，保障乳腺肿瘤的总体疗效”是“中心”的任务，“提供高品质的医疗服务，做出有指导意义的研究成果”是“中心”团队追求的目标。
北京大学肿瘤医院胸部肿瘤内一科（原胸部肿瘤内科）是以肺癌诊治为主、具有深厚沉淀、传承并不断发展的研究型临床专科，多年来一直致力于中晚期肺癌规范化、个体化内科和多学科综合及相关转化研究。现有病床36张，医护人员30名。10名医生中高级职称医师6名，中级职称医师3名，初级职称医师1名，几乎所有医生均具有硕士或博士研究生学历，3人具有国内外博士后研究经历。护士队伍中，主管护师4名，护师8名，本科及以上学历8名。共同组成一支高素质、高学历、具有丰富临床和研究经验、充满蓬勃朝气和积极进取的医护团队，医教研综合实力达国内水平。
北京大学肿瘤医院放疗科始建于1976年，同年，我国台直线加速器在这里自主研制成功。
放疗科2000年即在国内较早开始开展三维立体定向适形放疗， 2004年在北京市率先开展三维适形动态调强放射，迄今采用调强放疗技术患者超过13000例，并取得良好的疗效。2008年放疗科引进了具有功能的后装机、大孔径CT定位机和20套先进的计划系统， 2009年国内台VMAT在我放疗投入使用;2011年国内台True Beam投入使用;2012年引进国内首套大孔径核磁定位系统放射，在放疗设备的配置方面达到了国际先进水平。