医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
全国基层高血压防治管理项目作为国家基本公共卫生服务重点项目之一，自2017年在中心成立项目办公室以来，先后发布《国家基层高血压防治管理指南》（2017版、2020版）和《国家基层高血压防治管理手册》，培训超过235万名医务人员（其中基层医务人员占80%）。通过新媒体传播途径向公众传播健康生活方式医学理念和方法，覆盖民众2500余万人。建立了一套相对完善的高血压评价体系，以统一的七级管理数据分析质控平台，推动基层管理质量“持续改善”。该平台已管理重点联系点地区的1.8万个基层医疗卫生机构的438万高血压患者。开发适合基层的高血压管理辅助诊疗工具（1.0版、2.0版），并通过持续开展降压效果调研评价工作，探索防控新模式。
“三高共管”试点建设项目自2020年12月启动，先后在天津、河北、辽宁、河南等14个地区开展试点工作。截至2023年，该项目已在12省市启动14个试点，管理近2万例 “三高”患者。“三高共管”项目的试点地区平均血压规范测量率达46%、血压控制率达58%。
打造了全国性心血管疾病资讯平台
中国心脏大会前身为北京国际心血管病论坛，自2004年首次举办至今已连续举办二十届，通过搭建全球性的心血管疾病防治学术交流的舞台，促进国内外业界同行互融互通，营造良好行业氛围。自2005年起，阜外医院已连续18年对外发布《中国心血管健康与疾病报告》，充分发挥咨询平台和专家智库的作用，为我国心血管防治研究提供技术指导与评价，为政府制定相关政策与策略提供决策依据。除此之外，阜外医院制定《高血压防治基层实用指南》《中国高血压防治指南》和《中国成人血脂异常防治指南》《心脏性猝死的标准》等行业规范文件。