先后获国家科技进步二等奖2项、省部级一等奖4项、何梁何利科学技术与进步奖，谈家桢生命科学临床医学奖，转化医学杰出贡献奖，吴阶平医药创新奖，中国工程院光华工程科技奖。北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号
北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号）兼任亚太血液联盟常委会主任、世界华人医师协会第四届理事会副会长、第四、五届中国医师协会血液科医师分会会长、第九届中华医学会血液学分会主委。
北京大学人民医院血液科黄晓军专家门诊在线咨询。黄晓军，北北京大学人民医院，血液病研究所主任医师，教授，博士生导师，医学博士。临床擅长于血液系统疾病，造血干细胞移植后的移植物抗宿主病、感染和复发等各种移植合并症的诊断和处理，如白血病、地中海贫血、骨髓移植等疾病。主持国家863计划、国家杰出青年基金、国家自然基金重点项目等多项国家课题，以通讯或作者发表SCI论文270余篇，入选2014、2015年中国高被引学者榜单，获国家科技进步二等奖1项、省部级一等奖4项、吴阶平医药创新奖。
2007年担任国家杰出青年科学基金项目负责人，创新团队带头人。负责承担国家自然科学基金国家“863”基金、“985”基金、北京大学211基金、卫生部基金、教育部博士点和“新世纪人才”等多项基金。发表论文100多篇，综述10多篇，专著10部。1996年被评为硕士研究生导师，1999年获北京市医务工作者，2003年获北京市五、四青年称号，被评为博士生导师。2005年被评为教育部“新世纪人才”。在2006年获中华医学科技奖二等奖，2008年卫生部吴杨奖获得者，2008年中国医师奖获得者。