工程实行预付款的，合同双方应根据合同通用条款及价款结算办法的有关规定，在合同专用条款中约定并履行。
承包人应在签订合同或向发包人提供与预付款等额的预付款保函后向发包人提交预付款支付申请，发包人应在收到支付申请的7天内进行核实后向承包人发出预付款支付证书，并在签发支付证书后的7天内向承包人支付预付款。
它是施工准备和所需材料、结构件等流动资金的主要来源，国内习惯上又称为预付备料款。
工程预付款的扣回：
起扣点T=P-M/N， P为承包合同总合同额 M为工程预付款数额 N为主要材料和构件所占总价款的比重
施工企业承包工程，一般实行包工包料，需要有一定数量的备料周转金，由建设单位在开工前拨给施工企业一定数额的预付备料款，构成施工企业为该承包工程储备和准备主要材料、结构件所需的流动资金。
预付款还可以带有“动员费”的内容，以供组织人员、完成临时设施工程等准备工作之用；
预付备料款的额度，由合同双方商定，在合同中明确预付备料款计算的理论公式:
预付备料款=合同价款×预付备料款额度
备料款数额=全年施工工作量×主材所占比重÷年施工日历天×材料储备天数
备料款的数额，要根据工程类型、合同工期、承包方式和供应方式等不同条件而定
一般建筑工程不应超过工作量(包括水、电、暖)的30%；安装工程不应超过工作量的10%
税款保付反担保函
是指对在银行开户的加工贸易企业，银行可为该企业出具以中国银行为受益人的反担保函。加工贸易企业在开展加工贸易业务中为免向海关缴纳税款保证金，需委托中国银行出具以海关为受益人的税款保付保函。